Pada tahun 1990, Giampiero Boniperti menyerahkan posisi kepresidenan kepada Mr. Vittorio Caissotti di Chiusano. Tiga tahun kemudian, Juventus meraih Piala UEFA ketiga mereka, tetapi mereka juga mengalami kegagalan di kompetisi domestik. Pada tahun 1994, klub memulai proses renovasi. Chiusano tetap sebagai presiden, tetapi posisi operasi diberikan kepada Roberto Bettega, Antonio Giraudo dan Luciano Moggi.
Marcelo Lippi mengelola tim dan beberapa wajah baru telah masuk ke dalam skuad seperti: Ferrara di pertahanan, Paulo Sousa dan Deschamps di lini tengah dan depan, bersama Gianluca Vialli dan Roberto Baggio. Mereka adalah pemain muda yang menarik. Dia bergabung dengan Juventus pada tahun sebelumnya dari Padova, menunjukkan teknik yang menonjol dan kepribadian yang kuat. Namanya Alessandro Del Piero, orang yang akan menulis ulang semua rekor Juventus. Musim berikutnya ditentukan oleh duel besar dengan Parma, yang berhasil mengalahkan Juve di final Piala UEFA. Namun, Bianconeri mengalahkan rival mereka dalam perburuan gelar Scudetto dan juga menang melawan mereka di final Coppa Italia. Tahun yang sukses, tetapi juga ditandai dengan tragedi karena kematian Andrea Fortunato pada tanggal 25 April 1995. Ia menderita penyakit yang tidak dapat disembuhkan. Kemenangan Scudetto memungkinkan Juve untuk meraih tempat mereka di Liga Champions pada tahun berikutnya di mana mereka menyingkirkan Real Madrid di perempat final dan kemudian mengalahkan Nantes di semifinal. Final akan dimainkan di Roma melawan juara bertahan Ajax pada 22 Mei 1996. Laga itu berakhir 1-1. Bianconeri mencetak semua penalti mereka dan kiper Peruzzi telah menyelamatkan dua. Jugovic mendekati titik penalti sambil tersenyum untuk tendangan penalti terakhir. Senyumnya berubah menjadi tangisan kegembiraan setelah beberapa detik saat Juve dinobatkan sebagai Juara Eropa.
Skuad mengalami perubahan drastis di musim berikutnya karena Vialli dan Ravanelli sama-sama pergi, sementara Boksic, Vieri dan Amoruso masuk ke tim. Montero dan Zidane juga bergabung untuk memperkuat pertahanan dan lini tengah. Bianconeri kemudian kembali ke puncak dunia setelah gol Del Piero memastikan kemenangan melawan River Plate di Piala Interkontinental yang diadakan di Tokyo. Tim juga meraih gelar Scudetto, tetapi final Liga Champions kedua berturut-turut tidak berjalan sesuai rencana karena mantan pemain Bianconeri Moeller dan Paulo Sousa membawa gelar tersebut ke Jerman. Patah hati di Eropa terulang kembali pada tahun berikutnya ketika Bianconeri kalah pada rintangan terakhir di Amsterdam, saat melawan Real Madrid. Namun klub mencatat gelar Scudetto ke-25 sebagian besar berkat performa gemilang yang ditunjukkan oleh Inzaghi dan Del Piero. Musim berikutnya, Del Piero mengalami cedera pada 8 November 1998 di Udine. Tanpa pemain bintangnya, Juventus tetap berjuang untuk mempertahankan ritme permainan mereka dan Lippi memberi jalan kepada Carlo Ancelotti di bangku cadangan.
Setelah dua musim yang kurang baik, Lippi kembali ke rumah pada tahun 2001. Manajer dari Viareggio mengambil alih tim yang telah kehilangan pemain kunci, Inzaghi dan Zidane. Tetapi ia masih dapat mengandalkan pemain penting Buffon, Thuram dan Nedved. Pada matchday terakhir musim ini, Inter unggul saat bermain melawan Lazio di Roma. Sementara itu Juventus beraksi di tandang melawan Udinese. Sisi Lippi dengan cepat membuat keunggulan dua gol dalam waktu tersisa hanya 15 menit. Inter, di sisi lain, masuk ke babak perpanjangan waktu, tetapi mereka kebobolan dua kali dan mengakhiri perjalanan mereka meraih gelar. Scudetto nomor 26 akan dikenang karena kegembiraan luar biasa Del Piero dan Trezeguet, ditambah dengan air mata Ronaldo. Scudetto tetap ada di seragam Juve untuk musim berikutnya, tetapi tetap saja itu adalah tahun yang tragis. 'Avvocato' Giovanni Agnelli meninggal pada 24 Januari 2003 dan klub sedang berduka. Pada bulan Mei, Juventus mengalami kemunduran lagi saat mereka kalah di final Liga Champions melalui adu penalti di Wembley melawan Milan.
15 Juli 2003 terbukti menjadi tanggal bersejarah bagi klub karena Juventus menandatangani perjanjian dengan Kota Turin untuk akuisisi hak atas tanah Stadio Delle Alpi, di mana stadion baru pada akhirnya akan dibangun. Sementara itu, Bianconeri membalas dendam kepada Milan dengan mengklaim kemenangan di Piala Super yang diperebutkan di Amerika Serikat. Namun, pesta itu tidak berlangsung lama karena kematian Presiden Vittorio Caissotti di Chiusano diumumkan. Franzo Grande Stevens, Wakil Presiden FIAT masuk ke dalam peran tersebut. Meskipun meraih kemenangan Piala Super, Juve harus merasakan duka. Klub kembali berduka pada musim berikutnya ketika Umberto Agnelli meninggal pada 27 Mei 2004.
